激光掃描顯微鏡是生物科學的成像工具。用于在生物學研究中獲得高分辨率、高對比度的樣品圖像。激光掃描顯微鏡用激光作掃描光源，逐點、逐行、逐面快速掃描成像，掃描的激光與熒光收集共用一個物鏡，物鏡的焦點即掃描激光的聚焦點，也是瞬時成像的物點。能夠通過逐點掃描樣品形成光學切片，從而構建精確的3D圖像。

激光掃描顯微鏡的工作原理使用一對鍍銀掃描鏡引導激光束，激光通過物鏡聚焦在樣品上。樣品焦點處產生的熒光信號被物鏡收集，并通過掃描裝置，穿過與物鏡焦平面共軛的針孔，讓焦點處的光子被光電倍增管檢測到。通過對激光掃描的每個點進行光子成像，即可逐個像素重建圖像。