如果在超景深顯微鏡制樣時發現樣品有問題，可以采取以下措施：

重新檢查樣品：首先，應重新檢查樣品的選取、處理和準備過程，確認是否有任何疏漏或錯誤。樣品的質量對顯微鏡的觀察結果至關重要，因此確保樣品的正確性和質量是首要任務。

樣品表面處理：如果樣品的表面不平整或存在污染物，需要進行適當的表面處理。這包括使用化學處理、機械拋光、離子束刻蝕等方法改善樣品表面的平整度和清晰度。這些步驟有助于消除表面不平整和污染物對觀察結果的影響。

調整顯微鏡參數：如果問題是由顯微鏡參數設置不當引起的，可以嘗試調整光源亮度、對比度、放大倍數等參數。這些調整可以優化圖像的清晰度和對比度，從而改善觀察效果。

更換樣品：如果以上措施都無法解決問題，可能需要考慮更換樣品。選擇一個新的、質量更好的樣品進行制備和觀察，以確保獲得準確可靠的實驗結果。

咨詢專家或技術人員：如果自己對問題的原因和解決方法不確定，可以咨詢專家或技術人員。他們可以提供專業的建議和幫助，確保問題得到妥善解決。

總之，在超景深顯微鏡制樣過程中發現樣品有問題時，應根據具體情況采取適當的措施進行解決。通過重新檢查樣品、表面處理、調整顯微鏡參數、更換樣品或咨詢專家等方式，可以確保獲得準確可靠的實驗結果。