顯微鏡在主要操作有：調焦，視度調節，瞳距調節和燈泡更換幾個步驟。

調焦：將工作臺板放入底座上的臺板安裝孔內。顯微鏡觀察透明標本時，選用毛玻璃臺板;觀察不透明標本時，選用黑白臺板。然后松開調焦滑座上的緊固螺釘，調節顯微鏡的高度，使其與所選用的物鏡放大倍數大體一致的工作距離。調好后，須鎖緊緊固螺釘。調焦時，建議選用平面物體，如印有字符的平整紙張、直尺、三角板等。

視度調節：先將顯微鏡左右目鏡筒上的視度圈均調至0刻線位置。通常情況下，先從右目鏡筒中觀察。將變倍手輪轉至較低倍位置，轉動調焦手輪和視度調節圈對標本進行調節，直至標本的圖像清晰后，再把變倍手輪轉至較高倍位置繼續進行調節直到標本的圖像清晰為止，此時，用左目鏡筒觀察，如不清晰則沿軸向調節左目鏡筒上的視度圈，直到標本的圖像清晰為止。

瞳距調節：扳動顯微鏡目鏡筒，可以改變兩目鏡筒的出瞳距離。當使用者觀察視場中的兩個圓形視場完全重合時，說明瞳距已調節好。應該注意的是由于個體的視力及眼睛的調節差異，因此，不同的使用者或即便是同一使用者在不同時間使用同一臺顯微鏡時，應分別進行齊焦調整，以便獲得較佳的觀察效果。

燈泡更換：無論是更換上光源燈泡，還是更換下光源燈泡，在更換前，請務必將電源開關關上，電源線插頭一定要從電源插座上拔下。當更換顯微鏡光源燈泡時，先擰出上光源燈箱的滾花螺釘，取下燈箱，然后從燈座上卸下壞燈泡，換上好燈泡，再把燈箱和滾花螺釘裝上即可。當更換下顯微鏡光源燈泡時，需將毛玻璃臺板或黑白臺板，從底座上取出，然后從燈座上取下壞燈泡，換上好燈泡;再把毛玻璃臺板或黑白臺板裝好即可。顯微鏡更換燈泡時，請用干凈的軟布或棉紗將燈泡玻殼擦拭干凈，以保證照明效果。

由于很多時候是因為我們在使用的時候沒有注意，將顯微鏡放在潮濕的地方，有灰塵的時候又直接用手抹或者用布擦，在進行操作的時候喜歡用一只手拿鏡，從而導致了悲劇的事情發生，那用戶又該如何避免這樣的事情發生呢？

1、顯微鏡是G端儀器，對環境有一定要求，放置的地方一定要有光，防潮，灰塵少，潮濕的環境容易導致顯微鏡的損壞，影響功能，所以平時不用的時候要蓋上防塵布，以免進入灰塵。

2、進行操作時，要保持右手握臂、左手托座的持鏡姿勢，千萬不能一只手拿鏡，避免有的零件脫落或者碰撞到其它地方，對顯微鏡造成損壞。

3、在調節物鏡和其他裝置的時候，要盡量小心，動作輕柔。因為它很多地方都用到調節，所以更要注意，調節不好容易損壞被觀察物體，也容易損壞儀器。更換物鏡和薄片時，要注意不要用力扳取。

4、使用者要注意保持顯微鏡的清潔，其中光學和照明部分要求比較嚴格，做清潔時只能用擦鏡紙擦拭，擦鏡頭要用專業的擦鏡頭的紙擦，切動作不能過大。特別是杜絕用口吹、用手抹或者用布擦。不能讓酸性，堿性等試劑流入載物臺或者是鏡頭上，如果出現這種情況，應該及時擦干。

5、很大一部分人有單眼觀察的習慣，這種習慣在顯微鏡的使用當中很不方便，應該保持兩眼同時睜開進行觀察，因為在左眼觀察視野的同時，右眼還要用來繪圖。

6、使用過程中要堅持輕拿輕放的原則，注意不要隨手把顯微鏡放在實驗臺面的邊緣，防止一不小心碰翻落地。

7、在放置玻片標本時，要對準通光孔的中央，切記不能反放，以免壓壞玻片或是碰壞物鏡。另外操作者對儀器不要隨意拆卸，以免損壞和影響使用效果。

8、使用完顯微鏡，要按照規定步驟進行復原，要檢查是否關好電源，然后放回鏡箱不要馬上蓋防塵布，要等到冷卻后在蓋上。還要將物鏡調節到較低狀態，平時要多檢查是否有螺絲松動。