焦深是指能清晰成象的樣本層深度，即是指在用顯微鏡觀察好拍攝樣本表面時，從對準焦點的位置開始，改變物鏡與樣本表面的距離時，對焦能夠保持清晰的范圍。肉眼的調(diào)整能力因人而異，所以焦深也會出現(xiàn)因人而異的情況。現(xiàn)在常用的是與試驗結果比較一致的Berek公式。

焦深公式
肉眼觀察(Berek公式)
±D.O.F.=ω×250,000/(N.A.xM)+λ[2(N.A.)2](μm)
D.O.F.:焦深
ω:肉眼分辨率0.0014(當光學角度為0.5°時)

M：總倍率(物鏡倍率x目鏡倍率)

 ±D.O.F.=350/(N.A.xM)+0.275/2(N.A.)2(λ=0.55μm)
這表明數(shù)值孔徑越大，焦深越小。
例
 MPLFLN為100倍（N.A.=0.90）時，WHN為10倍時
 ±D.O.F.=350/(0.90x1,000)+0.275/0.81=0.39+0.35
  =0.73μm

視頻攝像機

視頻攝像機因CDD(電荷耦合電器)的像素數(shù)，光學倍率和數(shù)值孔徑不同，焦深各異。上述公式僅為粗略指南。